In Kanto und Johto herrscht seit je her Frieden und Ordnung. Die Welt der Pokémon ist mit dem Menschen eins geworden und die Parteien haben gelernt sich zu kennen und zu lieben. Trainer trainierten ihre Pokémon für Wettbewerbe oder Kämpfe, andere nutzten sie für Alltagsarbeiten und die Anderen wiederum lebten in der Wildnis.Doch mit der Zeit gab es Menschen, die gierig wurden. Sie wollten keine gleichbleibende Hierarchie und sie sahen in den Pokémon auch mehr den Nutzen als die Liebe. Einer dieser Menschen schaffte es, den Krallball zu erfinden. Mit ihm können wilde sowie auch Trainerpokémon einfach genommen werden und ins so genannte "Crypto-Pokemon" verwandelt werden. Diese Mechanik machte sich eine Gruppe von Menschen zu nutzen, um mit diesen Pokémon einen Kampf zu beginnen. In Kanto wurde der Krieg ausgerufen. Auf mehreren Routen wird durch Crypto-Pokémon Zerstörung und Kampf herbeigeführt. Der Frieden war gebrochen. Doch die Elite dieses Krieges, die Anführer und schlauen Köpfe, haben sich in Johto niedergelassen, um kein Risiko der eigenen Betroffenheit zu haben. Im Schutze der noch nicht betroffenen Bürger und Bürgerinnen versuchen die Anführer keinen Schaden zu erhalten und gleichzeitig neue Menschen für ihre Idee zu rekrutieren, während in Kanto das überlegte umgesetzt wird. Seit dem diese Idee nun mehr oder weniger gut klappte, sahen es die Kriminellen auch so langsam auf legendäre Pokémon ab und wollen sie mit Hilfe des Krallballes und dem Crypto-Status für ihre Zwecke nutzen. Eine kleine Gruppe an gebildeten und aufgeklärten Menschen kann dem ganzen nicht mehr zu sehen. Nachdem Liga und Arenaleitern eingreifen möchten, jedoch auch ihre Arbeit nicht vernachlässigen können, ist eine Handlung ihrerseits in diese Ereignisse nicht wirklich möglich. Deshalb kommen andere Menschen zusammen, um gegen diese Kriminellen Aktionen ein Ende zu setzen und in Kanto wieder den Frieden herzustellen.